直感でどれか選んで...
エジプト・アレクサンドリア港。一艘の貨物船が、巨大な氷山を輸送していた。
そして水温の高い海域に入った時、突如氷山がひび割れ、その中から巨大なサメが現れる。
それは、過去にニ度も世界を滅亡の危機に至らしめた、“メガ・シャーク”であった。
巨大なワニ“クロコザウルス”との戦いにおいて、海底の奥深くで息絶えたものだと思われていたが、三度現れた“海の王者”は、その獰猛さが増したかのように各地で暴れ回る。
国連は、すぐさま世界の全海域を封鎖。
まだ試運転前であった史上最強の兵器“メ カ・シャーク”を、急遽出動させるが...。
前作から数年後のアミティ。かつて巨大ザメを倒した夫のマーティン・ブロディが心臓発作でこの世を去り、未亡人となったエレン・ブロディ。次男のショーンは、アミティ警察署で保安官となり、エレンと2人で平和な毎日を送っていた。
だが、クリスマス・イブの夜、流木の除去のために海に出ていたショーンは狭い港内であるにも関わらず、アミティに4度現れた巨大ホオジロザメに襲われた。ショーンは一瞬にして片腕を食いちぎられ、翌日無残な死体となってしまった姿でエレンの眼前に現れる。
ショーンの葬儀後、エレンは海そのものに嫌悪感を抱くようになってしまい、悲しみに暮れる。アミティに戻って来た長男のマイケルはエレンを慰めるため、自分が住んでいるバハマに呼ぶ。既に独立し、結婚して家庭をもつマイケルは、博士号取得を目標にするジェイクと共にバハマの海で巻貝研究の仕事をしていた。サメに襲われる夢を見てうなされるほどショックを受けていたエレンは、島のセスナ機パイロットであるホーギーと出会い、カーニバルの夜を経て、次第に元気を取り戻す。
しかしその数日後。巻貝を調査中のマイケルたちの前に、ショーンを無残にも食い殺したあの巨大ホオジロザメが、まるでブロディ一家への復讐を狙っているかのごとく、後を追うように現れた。だがマイケルたちは、エレンに心配させまいと、サメがいる事実を伏せてしまう。
エレンが元気を取り戻したのもつかの間。サメ出現を隠したために無警戒だったビーチにサメが現れ、バナナボートに乗って楽しむエレンの孫・テア達を襲う。間一髪のところでテアは助け出されたが、我慢の限界に達したエレンは、決着をつけるために一人、ヨットで沖へ出ていく。それを知ったマイケルは、ホーギーの飛行機でジェイクと共にエレンの後を追うのだった。
バカンスで孤島を訪れた4人の男女。開放的な雰囲気を楽しんでいたのだが、いつの間にか1人が行方不明に。
仲間を探す3人は、この島に政府が極秘開発した巨大な人喰い鮫が潜んでいる事を知る。人を襲う事をプログラムされた生物兵器の鮫に立ち向かう3人。最強鮫VS人間！勝つのはどちらか！？
スプリング・シーズンを迎えたマンモス・マウンテンでスキー客が次々と失踪。山に伝わる伝説の怪物、スカッカムの仕業なのか?
惨劇は続き、ついに姿を現したモンスター。それは雪の中を猛スピードで泳ぎ、地上の獲物に喰らいつく獰猛な人喰いザメ“スノー・シャーク”だった。
神出鬼没のハンターに襲われ、大パニックに陥るスキー場。保安官のアダムや海兵隊員のウェイドは決死の戦いを挑むが、不死身の化物を倒す手段はない。
時は近未来。温暖化による氷河の融解の影響で、地表の98％が海に覆われていた。僅かな生存者たちは、海上に建てられた基地や船の上でなんとか生きながらえていた。もはや、地球の支配者は人類ではなかった。今、生態系の頂点に立っているのは獰猛な鮫であった。そして、さらなる水温の上昇で海中は食糧不足に陥り、空腹となった鮫は人間を狙い始めていた。さらに鮫たちは群れをなし統制のとれた行動をとるようになる。それは、大群を統率する鮫が存在しているとしか思えなかった…
アメリカ軍が産み出してしまったタコとサメの合体生物兵器“シャークトパス”。
この史上最狂のハイブリッド・モンスターは、更なる驚きの進化を遂げ、ついに海を飛び出し陸でも暴れまくり、人間界に牙を向け始めていた。
ある日、マッドサイエンティストはシャチとオオカミの遺伝子を人間に組み込み、信じられない合体生物を産み信じられない合体生物を産み出すことに成功する...
前作から立派に成長したマイケル・ブロディは、海の一部を使用した最新の海洋水族館「シー・ワールド」でチーフ・エンジニアとして働いていた。フロリダで完成したこの水族館は、海底に張り巡らした特殊ガラス製の巨大水中トンネルが売りだった。開園前日、作家のフィリップや、弟のショーンも遊びに来た。しかしその日、館と海底を区切るゲートが突然故障したので、スタッフが1人修理に向かう。
一方、マイケルとモーガンは行方不明のスタッフの捜索に海底へ出たが、そこに体長3メートルのホオジロザメが現れる。フィリップの協力もあって、体長3メートルの人食い鮫の捕獲に成功した。フィリップや館長は、鮫を殺してその様子を公開しようとしたが、モーガンの提案で、人食い鮫を水族館で飼育することとなる。
いよいよ、シー・ワールドが開館すると、館長は生物担当のモーガンに無許可で人食い鮫を公開する。が、鮫は公開直後に息絶えてしまう。一方、海底トンネルでは修理に向かったスタッフの無残な死体が見物客によって発見された。マイケルはすぐさま鮫の仕業と確信する。バーでくつろぐ館長に報告するマイケルとモーガンだったが、海底に体長10メートルの超巨大ホオジロザメを発見する。すぐに避難命令を出す館長であったが、水上スキーショーはパニックに陥り、水中トンネルは鮫の突進によって破壊されてしまう。捕獲した鮫はこの怪物の子供に過ぎなかったのだ。館長は水中トンネルの緊急閉鎖を命じ、その結果、客はトンネル内に閉じ込められてしまった。
燦々とした太陽が降り注ぐアメリカ西海岸・カリフォルニアの人々が賑わうビーチ。そこで人命を守るライフガードとして働く面々は、スタイル抜群の美男美女の集まりだ。
しかしその日は突然やって来た。突如発生した“巨大津波”。一気に押し寄せた津波は、ビーチを、人々を一瞬の内に飲み込んだ。
ライフガードの面々も、一瞬の出来事にまったく太刀打ちできず、自らの命を守るのに精一杯だった。命からがら海の見張り場所として使用していた建物にたどり着いた彼らではあったが、その建物も水浸しの状態だった。
しかも被害状況を知るために活動を始めた彼らの目の前に信じられない事態が迫っていた。
それは血に飢え凶暴化した無数の“人喰いザメ”の襲来だった。
それは巨大津波が引き起こした海底火山爆発のせいなのだろうか?
ライフガードの彼らは、ダブル・ディザスター(=“巨大津波”&“人喰いザメ”)から無事生還することはできるのだろうか?
ケイトとリサは休暇でメキシコを訪れていた。「君は退屈な人間だ」と彼氏に言われて破局したリサを慰めようとして、ケイトは考えを巡らすが、上手いアイデアを思いつけずにいた。そんな折、ケイトは地元の人からケージ・ダイビングについての話を聞いた。「これだ!」と思ったケイトは、リサをケージ・ダイビングに誘った。リサは気乗りしなかったが、ケイトから「また退屈な女だと思われるわよ」と言われたため、渋々ダイビングに挑むことにした。
翌日、2人が港に到着すると、リサがダイビングへの不安を吐露したが、ケイトは「危険なことなんてないでしょうよ」と真剣に受け止めなかった。2人は地元の青年たちとテイラー船長の船に乗った。ケイトはテイラーに「2人ともダイビングをしたことがある」と言ったが、これは嘘であった。リサにはダイビング経験がなかったのである。
ダイビングスポットに到着したとき、テイラーはサメをおびき寄せるためのえさを撒き始めた。ここに至り、ケイトもダイビングへの不安を口にしたが、テイラーは「大丈夫だ」と言うばかりであった。最初に潜ったのは地元の青年たちであった。船にいた誰もが気が付かなかったことではあるが、すでにこの段階でケーブルに切れ目が入っていたのである。青年たちが無事に帰還したのを見たテイラーは、リサとケイトを海底に送る準備を始めた。2人が檻の中に入ったとき、ボートに備え付けられていたケーブルの巻上機が水中に落下してしまい、2人はそのまま海底47メートルへと沈んでいった。しかも、2人は船との交信ができない状態におかれてしまった。海面下40メートルまで泳いでいったケイトは、必死の思いで船との交信を試みた。テイラーは「ハビエルがスペアの巻上機をもってくるまで耐えてくれ。あと、サメがウヨウヨしているから、檻の外には出るな」とケイトに言った。極度の緊張下におかれた2人は、予想以上の量の酸素を消費してしまった。やがて、2人をハビエルのサーチライトが照らした。ハビエルは自分たちを視認できないのではないかと考えたケイトは、檻の外に出ようとしたが、彼女の酸素タンクは空に近い状態にあった。そこで、リサがケイトの代わりに檻の外に出ることとなった。サメが下から襲撃してくることを防ぐために、リサは海底に沿って光源へと向かった。
途中にあった崖を乗り越えて光源にたどり着いたリサだったが、そこにハビエルの姿はなかった。しかも、光源にたどり着くのに必死になる余り、檻と自分がどれくらい離れているのか分からなくなってしまった。そこへハビエルが姿を現わしたが、彼はサメに襲撃され命を落としてしまった。ハビエルのスピアガンを装備したリサは、檻へと泳いで戻ることにした。フラッシュライトの光を確認したテイラーは2人の入った檻を引き上げようとしたが、その途中でケーブルが切れてしまった。2人の入った檻はさらに深い場所まで沈んでしまった。生還の見込みを失った2人はパニックに陥り、さらに酸素を浪費してしまうのだった。しかも、檻はリサの足を下敷きにしていたのである。