直感でどれか選んで...
大勢のバカンス客が押し寄せ、大学生たちがハメを外すニュージャージ州沿岸シーサイド・ハイツのビーチ。
ジーノとその親友ポーリー、ドニーもまた休日を楽しむためビーチに繰り出すことにした。
彼らは偶然、行方がわからなくなっていた男の死体を岸辺で発見する。その死体は変わり果て、普通の事故では考えられない残酷なありさまだった。
鮫に襲われたのではないかと考え、ジーノの父親である保安官のモレッティに訴えるが、信じようとしない。
その頃、ビーチでは巨大鮫の大群が押し寄せ、海面がたちまち血の色に染まっていた。
未確認飛行物体"UFO"が謎のマシンを宇宙から地球へと放出し、それを飲み込んだ巨大なサメが一瞬にして"ロボシャーク"に変身！一方、シアトルに住む水道局に務める夫とSNSにハマる娘と共に暮らす報道レポーターのトリッシュは、アメリカ海軍が何らかの厳戒態勢を敷いていることに気付く。そして、特ダネを掴みたいトリッシュが半ば強引に現場を追跡しようとしたその時、突如として巨大な生物兵器"ロボシャーク"が姿を現すのだった…。
3つの頭を抱えた巨大サメが迫り来るモンスターパニック。
海洋生物学を専攻するマギーは、水深800mに位置する研究所に入所する。
ところが到着早々、3つの頭を持つ巨大サメが施設に体当たりをし始める。
即座に緊急避難命令が出されるが…。
前回の一件で家族とよりを戻したフィン。故郷のニューヨークへ帰ろうとしたとき、竜巻が再びサメを巻き上げ、フィンたちの搭乗している飛行機に襲いかかった。
サメの激突により半壊した飛行機をどうにか胴体着陸に成功させたフィンであったが、寒波に加えてかつて大惨事を起こした「サメを伴った大竜巻」がニューヨークに迫りつつあった。
ロサンゼルスで経験した竜巻対処法に挑むべく、フィン一家とシャークネードとの死闘が再び巻き起こる。
前作から数年後のアミティ。かつて巨大ザメを倒した夫のマーティン・ブロディが心臓発作でこの世を去り、未亡人となったエレン・ブロディ。次男のショーンは、アミティ警察署で保安官となり、エレンと2人で平和な毎日を送っていた。
だが、クリスマス・イブの夜、流木の除去のために海に出ていたショーンは狭い港内であるにも関わらず、アミティに4度現れた巨大ホオジロザメに襲われた。ショーンは一瞬にして片腕を食いちぎられ、翌日無残な死体となってしまった姿でエレンの眼前に現れる。
ショーンの葬儀後、エレンは海そのものに嫌悪感を抱くようになってしまい、悲しみに暮れる。アミティに戻って来た長男のマイケルはエレンを慰めるため、自分が住んでいるバハマに呼ぶ。既に独立し、結婚して家庭をもつマイケルは、博士号取得を目標にするジェイクと共にバハマの海で巻貝研究の仕事をしていた。サメに襲われる夢を見てうなされるほどショックを受けていたエレンは、島のセスナ機パイロットであるホーギーと出会い、カーニバルの夜を経て、次第に元気を取り戻す。
しかしその数日後。巻貝を調査中のマイケルたちの前に、ショーンを無残にも食い殺したあの巨大ホオジロザメが、まるでブロディ一家への復讐を狙っているかのごとく、後を追うように現れた。だがマイケルたちは、エレンに心配させまいと、サメがいる事実を伏せてしまう。
エレンが元気を取り戻したのもつかの間。サメ出現を隠したために無警戒だったビーチにサメが現れ、バナナボートに乗って楽しむエレンの孫・テア達を襲う。間一髪のところでテアは助け出されたが、我慢の限界に達したエレンは、決着をつけるために一人、ヨットで沖へ出ていく。それを知ったマイケルは、ホーギーの飛行機でジェイクと共にエレンの後を追うのだった。
前回のシャークネードから5年後。ハイテク企業のアストロX社は天候安定システムを開発。
これにより竜巻の発生を未然に防ぐことができるようになり、世界は平穏な日々を取り戻していた。
一方、前回のシャークネードとの戦いで妻エイプリルを失ったフィン・シェパードは、カンザスの農場で幼い息子ギルと母親と三人で静かな生活を送っていた。
久しぶりに長男のマットと再会することになったフィンは姪のジェムと共に、アストロX社がラスベガスにオープンさせたサメをテーマにしたホテルへと向かうのだった。
しかし、そこで起こるはずのない竜巻が発生。砂漠で発生したため砂をまきこみ砂塵となったことで安定システムの対象外となったことで、竜巻はホテルの水槽で飼われていた大量のサメを巻き上げ、シャークネードへと姿を変えてしまう。フィンはまたしてもシャークネードと戦うことになるのだった。
だが、今回発生したシャークネードは今までとは比べ物にならない程の大きな力を持っており、道行く先々で岩や油田の油を巻き上げ、炎や電気を纏い、天候安定システムの穴を付くように様々な属性を得ながらアメリカ合衆国を縦横無尽に進み町を破壊していく。ついには原子力発電所の核燃料を飲み込んだシャークネードはヌークリアネードとなり、その強大な力でアメリカ全土を恐怖に陥れる。
前回の戦いで死亡したはずのエイプリルは祖父のもとでサイボーグ化の果てに生き延びたが、祖父の話によりフィンが現在も生存していることを知らなかった。
ニュースでフィンの存在を知ったエイプリルは他の家族と合流しながら彼のもとへ急ぐ。
最終的に合流したフィン一族は最凶のヌークリアネードを阻止するため、チェーンソーとハイテク装備に身を包み、命がけの特攻を開始するのだった。
サメ退治のプロフェッショナル“Shark Killer”を生業とする男チェイス・ウォーカー(デレック・テラー)の次なる獲物は、犯罪組織が密輸しようとしていた巨大ダイヤモンドを売人ごと喰い千切った「黒ヒレの大サメ」。
そして依頼人はなんと今や西海岸一のワルになっていた彼の兄ジェイク(ポール・デュトワ)だった。ジェイクのガールフレンド、ジャスミン(エリカ・セラ)による厳密な監視、からの燃えるようなロマンスを堪能しながら大海原に乗り出したチェイスだったが、敵対組織のドン、ニックス(アーノルド・ヴォスルー)がダイヤを横取りすべくジャスミンを拉致。
ギャング対ギャングの激化する抗争、その一方で腹を空かせた「黒ヒレの大サメ」は海辺のカップルや犬まで襲い始めた!!
危険な戦いに挑むチェイスとジャスミンの運命は？そして、ダイヤを手にするのは誰か？それともみんなサメの餌食になってしまうのか？
人気がなかったフロリダのシーガルビーチは人口珊瑚を利用し、活気を取り戻していた。ダニエルは海洋研究をしている兄に、「人口珊瑚の影響でサメが異常発生し、海は危険だ」と忠告されるが耳を貸さずに、漁船のレンタル店を営むシェーンに船を借り沖まで行き、サメの大群に襲われてしまう。なんとかビーチに戻ると、サメの大群がビーチの人々を襲いだした。人々を助けるためダニエルとシェーンは決死の覚悟でサメ達に闘いを挑む!
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ある夜、ボートで釣りを楽しんでいた一行の竿に掛かったのは巨大なサメだった。
しかし恐怖のあまりサメを撃ち殺してしまった彼らを、復讐のため蘇ったサメが襲う―!!
それから数日後、人ごみで賑わうビーチが騒然とする。青白く光るサメが出現し、人々を襲ったのだ!
その惨劇が去った後に現場についた地元警察は、その話を信じようとはしなかった。
そこに偶然居合わせたエバと妹のシスリー、友達のブレイスは犠牲者の残したビデオカメラに光るサメの証拠をつかむ。
そこには光るサメの背びれが映っていたのだ。
しかし警察は彼らの証言を真に受けることはなく次々と犠牲者が増えるのだった…。
ゴーストと化したサメは、水がある場所はどこでも出現出来るのだった。
豪邸のプール、シャワールーム、水たまり…。
街の至る所に出現し、ひとを襲うサメに住民たちは為す術をなくす…。