直感でどれか選んで...
静かな島、ホワイトサンドに戻ってきた町長の不良息子・ジミーは、町を活気づけるため、ギャングからの自分の借金返済のため、大規模パーティーの開催を計画する。
保安官ジョンと、その妹であり同じ保安官でもあるジミーの元カノのブレンダはそれをじっと見つめている。
ビーチではサメに襲われたと思われる若者の死体が海から離れた位置で発見される。通常のサメとは違う恐怖が島を襲う。
ビーチの閉鎖を主張する保安官と、フェス開催を強行しようとするジミーは対立。続出する犠牲者たち。
そしてついに、眼前に、砂の中から人間を食らうために飛び出す巨大な”ビーチ・シャーク”が姿を現した！！
3つの頭を抱えた巨大サメが迫り来るモンスターパニック。
海洋生物学を専攻するマギーは、水深800mに位置する研究所に入所する。
ところが到着早々、3つの頭を持つ巨大サメが施設に体当たりをし始める。
即座に緊急避難命令が出されるが…。
未確認飛行物体"UFO"が謎のマシンを宇宙から地球へと放出し、それを飲み込んだ巨大なサメが一瞬にして"ロボシャーク"に変身！一方、シアトルに住む水道局に務める夫とSNSにハマる娘と共に暮らす報道レポーターのトリッシュは、アメリカ海軍が何らかの厳戒態勢を敷いていることに気付く。そして、特ダネを掴みたいトリッシュが半ば強引に現場を追跡しようとしたその時、突如として巨大な生物兵器"ロボシャーク"が姿を現すのだった…。
密輸された巨大生物を運ぶタンクローリー内で巨大生物が暴れ出しタンクが沼に落ちた。
観光客で賑わうアチャファラヤ川では、ジャクソンの変死体が発見される。
ジャクソンと揉め事を起こしていたことでワニ園兼料理店「The GATOR SHED」の店主・ジェイソンに殺人容疑がかけられる。
ジェイソンの妹でウェイトレスのレイチェルは、川で見かけた巨大なサメの背びれを思い出し、ジャクソンはサメに食べられたと確信する。
ジェイソン、レイチェル、さらにレイチェルの恋人・タイラー、連邦特別捜査官のトミーたちは自力でサメ退治をしようとする。
一方、ジェイソンとレイチェルの妹・クリスタルは、船上パーティに誘われて川へと遊びに出かけてしまう。
次々と犠牲者が出る中、マーティンはサメを退治する方法を思いつくが…。
前回のシャークネードから5年後。ハイテク企業のアストロX社は天候安定システムを開発。
これにより竜巻の発生を未然に防ぐことができるようになり、世界は平穏な日々を取り戻していた。
一方、前回のシャークネードとの戦いで妻エイプリルを失ったフィン・シェパードは、カンザスの農場で幼い息子ギルと母親と三人で静かな生活を送っていた。
久しぶりに長男のマットと再会することになったフィンは姪のジェムと共に、アストロX社がラスベガスにオープンさせたサメをテーマにしたホテルへと向かうのだった。
しかし、そこで起こるはずのない竜巻が発生。砂漠で発生したため砂をまきこみ砂塵となったことで安定システムの対象外となったことで、竜巻はホテルの水槽で飼われていた大量のサメを巻き上げ、シャークネードへと姿を変えてしまう。フィンはまたしてもシャークネードと戦うことになるのだった。
だが、今回発生したシャークネードは今までとは比べ物にならない程の大きな力を持っており、道行く先々で岩や油田の油を巻き上げ、炎や電気を纏い、天候安定システムの穴を付くように様々な属性を得ながらアメリカ合衆国を縦横無尽に進み町を破壊していく。ついには原子力発電所の核燃料を飲み込んだシャークネードはヌークリアネードとなり、その強大な力でアメリカ全土を恐怖に陥れる。
前回の戦いで死亡したはずのエイプリルは祖父のもとでサイボーグ化の果てに生き延びたが、祖父の話によりフィンが現在も生存していることを知らなかった。
ニュースでフィンの存在を知ったエイプリルは他の家族と合流しながら彼のもとへ急ぐ。
最終的に合流したフィン一族は最凶のヌークリアネードを阻止するため、チェーンソーとハイテク装備に身を包み、命がけの特攻を開始するのだった。
シャークネードの脅威から何度もアメリカを救ったフィンは、ついにその功績が認められNATOによる「シャークネード戦略会議」に召集される。
会議が開かれるロンドンを妻エイプリルと息子ギルと共に訪れたフィンだったが、そこへかつて共にシャークネードと戦ったノヴァから連絡が入る。
ノヴァはシャークネードと人間との戦いは太古の昔にも行われており、そこで古代の人々は「デュークワカのハーネス」という秘宝の力を使いシャークネードに勝利したのだという。
そしてその秘宝はストーンヘンジの地下に眠っているのだというのだ。
ノヴァと共に遺跡からハーネスを持ち出したフィン。すると巨大なシャークネードがロンドンに突如現れる。ロンドンの街を壊滅状態に追い込んだシャークネードはハーネスを所持していたギルを巻き込み、ついにどこかへと去って行ってしまう。
フィンとエイプリルとノヴァはギルを取り戻すため、シャークネードを追って世界を駆ける。
追跡のたびに徐々に世界中でシャークネードの猛威を振るう中、フィンたちは果たして今回もシャークネードを止められるのであろうか。
新たな生物兵器として研究開発中の異種交配生物、通称“ピラニアシャーク”。ある事情で開発計画が頓挫し、多額の損失を出した開発会社はピラニアシャークを家庭用ペットとして売り出すことに。すると物珍しさに注文が殺到、大量のピラニアシャークたちが出荷されていく。しかし、奴らの生命力と繁殖力は半端なかった！ニューヨークの下水道に逃げ出したピラニアシャークが、街中の配水管をめぐりとてつもない勢いで繁殖し、殺戮マシーンと化す。この非常事態に米軍はニューヨークへの核攻撃を宣言。ピラニアシャーク唯一の弱点を発見した害虫駆除業者のジャクソンたち3人は、ニューヨークを救うために立ち上がる！
二度もシャークネードの脅威からアメリカ合衆国を救ったフィン・シェパードは、ついに大統領から最高位の勲章を授与されることになった。
ところが、式典の最中にまたしてもシャークネードが発生。フィンはなんとか大統領を守り抜くが、ワシントンD.C.及びホワイトハウスは壊滅的な被害を受けるのだった。
家族の身を案じたフィンは、妻と娘がいるオーランドの「ユニバーサル・スタジオ・フロリダ」へ向かうが、その道中で行方知れずになっていたノヴァと再会する。
共にシャークネードと戦うことにした二人はオーランドへ行き、無事フィンの家族を無数のサメから救いだすのだった。
ところが、今回のシャークネードは今までとは比べ物にならないほど巨大なものだった。
フィンはNASAに長年勤めていた父ギルバートに助けを求め、共に宇宙からシャークネードへの攻撃を実行する。
前作から3年後のアミティ。鮫との戦いの末に沈没したオルカ号を探索していたダイバーが謎の失踪を遂げたことを皮切りに、不審な事件が相次ぐ。マーティン・ブロディ保安官は、失踪事件が再び現れたホオジロザメによるものだと地元の政治家に説明するが、小魚の群れを鮫と勘違いし、海水浴客たちを逃がすためにと発砲する失態を犯す。間もなくダイバーが遺したカメラが回収され、現像したフィルムには鮫らしき影が映っていた。自らの不安に確信を持つブロディだが、意見は受け入れられず、警察署を解雇される。一方、ブロディの息子マイクとその友人たちは、ブロディの制止を無視してヨットで沖へ出る。そこにとうとう巨大なホオジロザメが姿を現した。彼らを追ったブロディは恐怖心をかなぐり捨て、一人で鮫に立ち向かう。