直感でどれか選んで...
人気がなかったフロリダのシーガルビーチは人口珊瑚を利用し、活気を取り戻していた。ダニエルは海洋研究をしている兄に、「人口珊瑚の影響でサメが異常発生し、海は危険だ」と忠告されるが耳を貸さずに、漁船のレンタル店を営むシェーンに船を借り沖まで行き、サメの大群に襲われてしまう。なんとかビーチに戻ると、サメの大群がビーチの人々を襲いだした。人々を助けるためダニエルとシェーンは決死の覚悟でサメ達に闘いを挑む!
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エジプト・アレクサンドリア港。一艘の貨物船が、巨大な氷山を輸送していた。
そして水温の高い海域に入った時、突如氷山がひび割れ、その中から巨大なサメが現れる。
それは、過去にニ度も世界を滅亡の危機に至らしめた、“メガ・シャーク”であった。
巨大なワニ“クロコザウルス”との戦いにおいて、海底の奥深くで息絶えたものだと思われていたが、三度現れた“海の王者”は、その獰猛さが増したかのように各地で暴れ回る。
国連は、すぐさま世界の全海域を封鎖。
まだ試運転前であった史上最強の兵器“メ カ・シャーク”を、急遽出動させるが...。
あるところに、自然豊かな、湖に浮かぶエルバー島があった。そこにある石油掘削施設では、ある時深く掘削しすぎたために地下の氷床の中のメガロドン（古代の凶暴なサメ）を誤って湖に放してしまった。しかし、危険がないと判断した研究員はそのまま湖の氷床を放置してしまうのだった。
しばらくして、湖で石油掘削施設の調査に訪れた男女4人組と、エルバー島で受け渡しをする予定だった絵画強盗集団が鉢合わせ、メガロドンの恐怖に立ち向かうことになる。
バカンスで孤島を訪れた4人の男女。開放的な雰囲気を楽しんでいたのだが、いつの間にか1人が行方不明に。
仲間を探す3人は、この島に政府が極秘開発した巨大な人喰い鮫が潜んでいる事を知る。人を襲う事をプログラムされた生物兵器の鮫に立ち向かう3人。最強鮫VS人間！勝つのはどちらか！？
シャークネードの脅威から何度もアメリカを救ったフィンは、ついにその功績が認められNATOによる「シャークネード戦略会議」に召集される。
会議が開かれるロンドンを妻エイプリルと息子ギルと共に訪れたフィンだったが、そこへかつて共にシャークネードと戦ったノヴァから連絡が入る。
ノヴァはシャークネードと人間との戦いは太古の昔にも行われており、そこで古代の人々は「デュークワカのハーネス」という秘宝の力を使いシャークネードに勝利したのだという。
そしてその秘宝はストーンヘンジの地下に眠っているのだというのだ。
ノヴァと共に遺跡からハーネスを持ち出したフィン。すると巨大なシャークネードがロンドンに突如現れる。ロンドンの街を壊滅状態に追い込んだシャークネードはハーネスを所持していたギルを巻き込み、ついにどこかへと去って行ってしまう。
フィンとエイプリルとノヴァはギルを取り戻すため、シャークネードを追って世界を駆ける。
追跡のたびに徐々に世界中でシャークネードの猛威を振るう中、フィンたちは果たして今回もシャークネードを止められるのであろうか。
息子テオと二人暮らしの元警官フランク。
ある夜、シッターのベッツィに家を預け帰宅した彼が見たのは、血の海となった自宅トイレの中に引きずり込まれていくベッツィの凄惨な最期だった。
家にサメらしき怪物がいると主張し、テオと庭でテント生活を始めたフランクだが、地元の悪徳不動産会社は勝手に家を売ろうと画策。
内見に来たカップルもまた犠牲者となってしまう。
自分の家以外でも同様の事件が起きていることを知ったフランクは、怪物「ハウス・シャーク」の駆除専門家という人物を探し出す。
犠牲者は数を増していく中、ハウス・シャークとフランクたちとの奇想天外な戦いが幕を開ける!
密輸された巨大生物を運ぶタンクローリー内で巨大生物が暴れ出しタンクが沼に落ちた。
観光客で賑わうアチャファラヤ川では、ジャクソンの変死体が発見される。
ジャクソンと揉め事を起こしていたことでワニ園兼料理店「The GATOR SHED」の店主・ジェイソンに殺人容疑がかけられる。
ジェイソンの妹でウェイトレスのレイチェルは、川で見かけた巨大なサメの背びれを思い出し、ジャクソンはサメに食べられたと確信する。
ジェイソン、レイチェル、さらにレイチェルの恋人・タイラー、連邦特別捜査官のトミーたちは自力でサメ退治をしようとする。
一方、ジェイソンとレイチェルの妹・クリスタルは、船上パーティに誘われて川へと遊びに出かけてしまう。
次々と犠牲者が出る中、マーティンはサメを退治する方法を思いつくが…。
海洋大学の講師、フランクスの父親がベニスで事故死した。早速ベニスに飛んだフランクスはその死に疑問を抱く。
その原因がサメにあるとしか思えないのだ。しかしここは水と共存している街。この話が世間に公表されると、街全体がパニックに陥ってしまうと警察から警告される。そんな中、運河ではサメに襲われる犠牲者が続出。一方フランクスが、父が潜っていた場所を探り始めると、そこには“メディチ家の財宝”が眠っていた!さらにその財宝を狙う国際的盗賊団がフランクスに迫っていたのだ!
学校の課外授業で大型クルーザーで太平洋を航海中の若い男女10数人と教授たち。
バカンスムードに浮かれた一行を乗せた船は偶然あったサメの死骸にぶつかり破損してしまい、浸水の結果、クルーザーは航行不能になる。
修理のあいだ安全のため偶然近くにあった珊瑚で形成されたサンゴ島に上陸することになる。
しかし浜辺で遊んでいた数人が頭の二つある大型のサメの餌食となり、サメは次々に男女を食い荒らしていく。